Sebagaimana banyak peristiwa kontroversial lain dalam sejarah, ada sejumlah teori yang muncul mengenai Peristiwa Madiun. Dalam peristiwa yang terjadi pada bulan September 1948 itu setidaknya ada empat teori yang berlaku.
Pertama, teori yang mengatakan, dalam Peristiwa Madiun adalah PKI. Menurut teori ini, PKI (Partai Komunis Indopnesia) ingin merebut kekuasaan dari Pemerintah RI dengan cara menduduki kota Madiun. Sebagaimana yang terungkap dalam dokumen yang diedarkan kalangan Partai Murba, PKI melakukan kerjasama dengan FDR (Front Demokrasi Rakyat) untuk menjadikan Indonesia berpemerintahan Komunis. Di Madiun pula mereka membentuk "Soviet: atau sistem pemerintahan model komunis Rusia. Muso adalah pemimpin dari pemberontakan Madiun. Dengan tindakannya itu, dia dan kawan-kawannya dipandang telah "menusuk dari belakang" Republik yang sedang giat-giatnya melawan Belanda.
Kedua, teori yang mengatakan, pelaku utama Peristiwa Madiun adalah kabinet yang dipimpin oleh Wakil Presiden Drs. Moehammad Hatta. Pada pertengahan Februari 1948 kabinet Hatta bermaksud melakukan "Rasionalisasi" atau penciutan jumlah personil angkatan perang, antara lain guna mengurangi beban finansial "bayi" Republik. Dalam pelaksanannya program rasionalisasi ini dilakukan oleh divisi Siliwangi dan mendapat tentangan dari laskar-laskar rakyat, khususnya yang tergabung dalam Divisi Senopati yang berhaluan kiri dan berkedudukan di Solo. Laskar-laskar itu merasa telah ikut berjasa dalam revolusi, karena itu tidak mau didemobilisasi begitu saja. Mereka bermaksud melawan program Rasionalisasi. Dikatakan, dalam situasi demikia n Kabinet Hatta sengaja memprovokasi kerusuhan di Solo dan Madiun, supaya ada alasan untuk menyingkirkan golongan kiri.
Ketiga, teori yang mengatakan provokotarnya adalah Amerika Serikat (AS). Menurut teori ini, tanggal 21 Juli 1948 AS berinisiatif menyelenggarakan sebuah konferensi di Sarangan, Magetan, Jawa Timur. Dalam konferensi yang dihadiri oleh dua wakil AS. G. Hopkins dan Merle Cochran serta Presiden Soekarno dan Wakil Presiden Hatta, dihasilkanlan dokumen Red-Drive Proposal. Konon, menurut dokumen berisi rencana pembasmian "kaum merah" itu, yang mau dibasmi bukan hanya orang-orang Komunis tetapi setiap unsur masyarakat yang anti imperialis. Pemerintah RI diminta melakukan pembasmian itu dengan imbalan 56 juta Dollar. Sejak itu diadakanlah berbagai bentuk provokasi terhadap PKI dan FRD serta kelompok-kelompok kiri lainnya. Dengan demikian dalam pandangan teori ini Peristiwa Madiun tak lain adalah buah provokasi AS dalam usahanya membasmi kaum kiri dan unsur-unsur anti imperialis lainnya di Republik ini.
Keempat, teori yang mengatakan. "otak"-nyaa adalah Uni Sovyet (US). Menurut teori ini, tidak bisa disangkal bahwa Peristiwa Madiun merupakan hasil rekayasa US melalui apa yang disebut Moscow Pilot. Sebelum Agustus 1948, PKI tenang-tenang saja, tetapi setelah kedatangan Musi-yang selama 20 tahun tinggal di Rusia-pada bulan itu Partai Komunis itu menjadi amat agresif dan dalam waktu singkat berhasil merekrut banyak pengikut. Kementerian penerangan RI saat itu, misalnya, menuduh kedatangan Muso erat terkait rencana Moskwa untuk menguasai Asia Tenggara.
Kedua, teori yang mengatakan, pelaku utama Peristiwa Madiun adalah kabinet yang dipimpin oleh Wakil Presiden Drs. Moehammad Hatta. Pada pertengahan Februari 1948 kabinet Hatta bermaksud melakukan "Rasionalisasi" atau penciutan jumlah personil angkatan perang, antara lain guna mengurangi beban finansial "bayi" Republik. Dalam pelaksanannya program rasionalisasi ini dilakukan oleh divisi Siliwangi dan mendapat tentangan dari laskar-laskar rakyat, khususnya yang tergabung dalam Divisi Senopati yang berhaluan kiri dan berkedudukan di Solo. Laskar-laskar itu merasa telah ikut berjasa dalam revolusi, karena itu tidak mau didemobilisasi begitu saja. Mereka bermaksud melawan program Rasionalisasi. Dikatakan, dalam situasi demikia n Kabinet Hatta sengaja memprovokasi kerusuhan di Solo dan Madiun, supaya ada alasan untuk menyingkirkan golongan kiri.
Ketiga, teori yang mengatakan provokotarnya adalah Amerika Serikat (AS). Menurut teori ini, tanggal 21 Juli 1948 AS berinisiatif menyelenggarakan sebuah konferensi di Sarangan, Magetan, Jawa Timur. Dalam konferensi yang dihadiri oleh dua wakil AS. G. Hopkins dan Merle Cochran serta Presiden Soekarno dan Wakil Presiden Hatta, dihasilkanlan dokumen Red-Drive Proposal. Konon, menurut dokumen berisi rencana pembasmian "kaum merah" itu, yang mau dibasmi bukan hanya orang-orang Komunis tetapi setiap unsur masyarakat yang anti imperialis. Pemerintah RI diminta melakukan pembasmian itu dengan imbalan 56 juta Dollar. Sejak itu diadakanlah berbagai bentuk provokasi terhadap PKI dan FRD serta kelompok-kelompok kiri lainnya. Dengan demikian dalam pandangan teori ini Peristiwa Madiun tak lain adalah buah provokasi AS dalam usahanya membasmi kaum kiri dan unsur-unsur anti imperialis lainnya di Republik ini.
Keempat, teori yang mengatakan. "otak"-nyaa adalah Uni Sovyet (US). Menurut teori ini, tidak bisa disangkal bahwa Peristiwa Madiun merupakan hasil rekayasa US melalui apa yang disebut Moscow Pilot. Sebelum Agustus 1948, PKI tenang-tenang saja, tetapi setelah kedatangan Musi-yang selama 20 tahun tinggal di Rusia-pada bulan itu Partai Komunis itu menjadi amat agresif dan dalam waktu singkat berhasil merekrut banyak pengikut. Kementerian penerangan RI saat itu, misalnya, menuduh kedatangan Muso erat terkait rencana Moskwa untuk menguasai Asia Tenggara.