Kota Pakuan pada masa lalu merupakan pusat kerajaan Sunda Pajajaran. Namun, dimanakah lokasi bekas kraton tempat raja-raja Sunda bertahta selama lebih dari sembilan abad lamanya ? Kurun waktu yang sangat panjang tersebut tidak mudah dilacak bekas-bekasnya. Pakuan kini sudah berubah menjadi kota Bogor.
Nasib kota tua itu jauh berbeda dibandingkan Trowulan sebagai pusat kerajaan Majapahit. Apalagi dibandingkan kota Romawi Kuno, Pompeii, di Italia selatan yang berhasil diketemukan kembali pada tahun 1748 setelah terkubur selama lebih dari 16,5 abad akibat letusan dahsyat gunung Vesuvius pada tahun 79 Masehi.
Di atas lokasi bekas kota tua tersebut, satu-satunya yang tersisa dan menjadi tonggak bukti keberadaan kerajaan Sunda Pajajaran hanyalah Prasasti Batutulis yang letaknya tidak jauh dari istana Batutulis. Batu prasasti itu merupakan persembahan pada upacara Srada oleh Prabu Surawisesa (1521-1535) setelah 12 tahun ayahandanya Sri Baduga, wafat. Selebihnya situs kota Pakuan hanya bisa direka-reka.
Secara fisik, kota itu sudah lama hilang bak hilang ditelan bumi. Bahkan, ketika orang-orang VOC melakukan ekspedisi pada akhir abad ke-17 sampai awal abad ke-18, mereka gagal menemukannya. Ekspedisi kompeni itu berlangsung beberapa kali, dilakukan oleh Scipio (1687), Adolf Winkler (1690), Ram dan Coups (1701), serta Abraham Van Riebeeck yang tiga kali melakukan ekspedisi pada tahun 1703, 1704, dan 1709.
Beruntung orang-orang Portugis yang sempat berkunjung ke Pakuan pada tahun 1512 dan 1522 sehingga mereka diduga merupakan orang asing pertama yang menjadi saksi. Di sana merek masih sempat menyaksikan kebesaran dan kemegahan/keindahan Kerajaan Pakuan Pajajaran yang dijuluki Sri Bima Punta Narayana Madura Suradipati.
Dalam laporannya disebutkan, ibukota Pakuan bisa dicapai setelah dua hari menyusuri sungai. Bangunan kratonnya berjejer dan menjulang tinggi, terbuat dari kayu yang ditopang dengan tiang-tiang sebesar drum, tampak indah berhiaskan relief-relief.
Kerajaan Pakuan Pajajaran sangat boleh jadi merupakan kerajaan pertama di Nusantara yang menjalin kerjasama dengan bangsa lain. Utusannya dua kali berturut-turut mengunjungi Malaka yang saat itu dikuasai Portugis. tahun 1512 dan 1521. Pada tanggal 21 Agustus 1522, kedua pihak mengikat perjanjian di bidang pertahanan dan ekonomi meski hal itu tidak pernah terwujud. Bandar Kalapa yang menjadi pelabuhan utamanya berhasil direbut pasukan Cirebon dan Demak pada tahun 1527. Pasukan Portugis yang datang terlambat berhasil dihancurkan.
