Dibawah kekuasaan Sultan Agung, Kraton Mataram mengalami masa kejayaan. Tatkala Sultan Agung berkuasa di Kraton Mataram, Sultan Agung berkuasa untuk memajukan Mataram lebih dari yang telah dicapai pendahulunya. Demi pertimbangan keamanan dan kenyamanan memerintah sebuah kraton, pertama-tama yang dilakukan Sultan Agung adalah memindahkan pusat kraton. Sultan Agung memindahkan pusat pemerintahan Mataram dari Kotagede ke Kerta. Menurut Dr. H.J. De Graaf (Puncak Kekuasaan Mataram) 1990;109) dikatakan bahwa rintisan pembangunan Kerta sebagai pusat pemerintahan Kraton Mataram dimulai tahun 1613 dan selesai dibangun tahun 1622. Dengan demikian, sewaktu Kraton Kerta belum jadi, raja (Sultan Agung Hanyokrokusumo) tetap tinggal di Kotagede.
Tentang pusat pemerintahan Mataram di Kerta, disebutkan bahwa Kraton Kerta dikelilingi pagar kayu disusun dalam bentuk menyerupai Wajik. Di kedua sisi terdapat balai panjang yang ramping dan di dekatnya ditanam pohon beringin berbentuk payung. Tetapi sekarang yang tersisa dari Kraton Kerta hanyalah sebuah Ompak. Kerta terletak di Dusun Kanggotan, Wonokromo, Pleret, Bantul. Sebenarnya keberadaan Kraton Kerta tidaklah lama, sebab tidak lama kemudian pusat pemerintahan Mataram kembali dipindah ke Pleret. Pusat pemerintahan Mataram di Pleret pada akhirnya lebih dikenal dan dikenang daripada Kerta.
Perpindahan pusat pemerintahan Kraton Mataram dari Kerta ke Pleret tercatat tahun 1643. Pembangunan Kraton Pleret memakan waktu cukup lama. Dimulai setelah pindah dari Kerta kira-kira butuh waktu sekitar 6-7 tahun. Pleret sebenarnya merupakan kraton yang unik karena sekelilingnya berupa air. Bila mau masuk kraton harus melalui jembatan. Pleret berasal dari kata Paleret yang artinya tanggul air dengan dasar miring dimana air meluncur kebawah.
Pada masa pemerintahan Sultan Agung di Pleret inilah Kraton Mataram mencapai puncak kejayaan. Tak hanya berpikir tentang keamanan dan keberlangsungan kraton semata. Bukti dari semua itu bisa dilihat dari karya seperti : Sastra Gending, Kitab Ni Cruti, dan Niti Castra, Kaligrafi, Perhitungan Tahun Jawa dan perayaan Sekaten. Di samping itu, hasil karya Sultan Agung yang sampai sekarang menjadi "monumen" adalah makam Imogiri (makam raja-raja Mataram).
Peninggalan kraton Pleret yang kini masih tersisa sebagian besar berupa nama-nama desa atau tempat tertentu. Nama-nama peninggalan Kraton Pleret yang sekarang masih bisa dijumpai misalnya : Kedaton (pusat kraton), Keputren (tempat tinggal putri-putri raja di luar kraton), Kauman (tempat tinggal para kaum), Gerjen ( tempat tinggal pera penjahit busana kraton), Demangan (tempat kediaman para Demang), Segoroyoso (laut buatan guna latihan perang). Sementara yang berupa bangunan bangunan hanya tinggal Sumur Gemuling (sumur untuk kepentingan mencuci benda-benda pusaka kraton). Letak Sumur Gemuling adalah di Kedaton sebelah barat yang kini berada di tengah persawahan. Oleh masyarakat setempat, Sumur Gemuling tersebut dibuatkanrumah beratap dengan maksud supaya tidak lekas musnah.
