Fakta sejarah menunjukkan hubungan kedua bangsa yang kini dikenal sebagai nation-state Indonesia dan Malaysia sebenarnya pernah erat. United Malays National Organization (UMNO) memakai bendera Merah Putih dengan lambang Keris warna kuning ditengahnya. Bendera tidak sekedar hubungan warna. Ia memiliki sejarah yang menurut pejuang Malaya, Ahmad Boestaman, dicapai dengan darah.Pejuang kemerdekaan Malaysia lainnya ada banyak. Mereka sebagian besar keturunan Minangkabau dan sebagian lagi keturunan Bugis. Sebagai pejuang anti penjajahan Inggris, mereka aktif di Kesatuan Melayu Muda (KKM), Partai Kesatuan Melayu Malaya (PKMM), dan di Partai Komunis Malaya (PKM). Ibrahim Jacob dan Ahmad Boestaman adalah pemimpin kemerdekaan yang paling dikenal di Semenanjung Malaya. Keduanya sangat terinspirasi oleh gelora kemerdekaan Indonesia dan dua pemimpin besar Indonesia : Tan Malaka dan Soekarno.
KKM didirikan di Kuala Lumpur, April 1939 oleh Ibrahim Jacob bersama Hasan Haji Manan, Idris Hakim, M. Isa Mahmud, dan Abdoellah Kamil (mantan besan Soeharto). Partai Komunis Malaya mendirikan Tentara Anti Jepang Rakyat Malaya (Malayan People's Anti Japanese Army) dan KKM bersama Ibrahim Jacob ikut Gyu Gun, milisi bentukan Jepang. Seperti Jaman pendudukan Jepang di Indonesia, Letnan Kolonel Ibrahim Jacob menamai pasukannya dengan PETA (Pembela Tanah Air). Ibrahim bersama Dr. Boerhanoeddin Helmi juga mendirikan KRIS (Kesatuan Rakyat Indonesia Semenanjung).
Bagi KRIS merdeka adalah untuk bersatu dengan Indonesia. Ibrahim bersama Boerhanoeddin Helmi menemui Soekarno-Hatta di Singapura tanggal 8 Agustus 1945 yang dalam perjalanan dari Jakarta menuju Dalat, Saigon, Vietnam Selatan untuk menemui Laksamana Terauchi. Dengan mengibarkan bendera Merah Putih saat menyambut Soekarno dan Hatta, keduanya menyatakan bahwa Semenanjung Malaya tidak dapat dipisahkan dari Indonesia Raya ( M. Salleh Lamry 2006:51 .
Mereka bertemu Soekarno dan Hatta lagi di Taiping, Perak, sekembalinya dari Dalat, 13 Agustus 1945. Kesepakatan yang dicapai adalah Kemerdekaan Indonesia diproklamirkan 24 Agustus 1945 dan Semenanjung Malaya adalah bagian dari Indonesia Raya. Ternyata Proklamasi Kemerdekaan RI pada tanggal 17 Agustus 1945 dan Soekarno Hatta tidak pernah menjelaskan ikhwal kesepakatan Taiping. Meski demikian, Soekarno pada tahun 1960-an menampung pejuang nasionalis Malaya di Jakarta saat konfrontasi dengan Malaysia.
